华西口腔医学杂志

作者：贾思璇, 张思荻, 尤玥, 孙嘉琳, 段世均, 石冰, 贾仲林

单位：口腔疾病防治全国重点实验室 国家口腔医学中心 国家口腔疾病临床医学研究中心 四川大学华西口腔医院唇腭裂外科，成都 610041

关键词：非综合征型唇腭裂,叉头盒E1基因,目标区域捕获测序,单核苷酸多态性,关联分析

基金：国家自然科学基金面上项目(82170919);四川大学华西口腔医院交叉项目(RD-03-202301);四川省科技厅自然科学基金面上项目(2024NSFSC0649)

目的 探究叉头盒E1（FOXE1）基因所在单倍型区域hg19 chr9:100560865-100660865附近的单核苷酸多态性（SNPs）位点与中国西部汉族人群非综合征型唇腭裂（NSCL/P）发生的相关性。 方法 第一阶段纳入159名NSCL/P患者，采用目标区域捕获测序的方法，拟筛查FOXE1基因所在单倍型区域附近与NSCL/P发生相关的SNPs位点。第二阶段，选择21个常见SNPs位点，在1 000名非综合征型单纯唇裂（NSCLO）患者，1 000名非综合征型单纯腭裂（NSCPO）患者和1 000名正常对照样本中进行验证。使用PLINK软件对研究人群进行哈迪-温伯格平衡（HWE）分析，对常见变异进行关联分析，对罕见变异进行基因负荷分析并使用Mutation Taster等软件对非同义突变的SNPs进行功能预测。 结果 第一阶段，共筛选出126个变异位点，包括76个SNPs变异位点和50个插入/缺失。纳入的所有SNPs在研究人群中遵循HWE。对筛选出的罕见变异进行功能有害性预测和基因负荷分析，差异均无统计学意义；对常见变异的关联分析表明，FOXE1基因的rs13292899位点与NSCL/P发生显著相关（P=1.85E-27），并且该位点与NSCLO（P=6.41E-23）、NSCLP（P=2.36E-15）发生也有相关性。随后在验证阶段，发现rs79268293（P=0.013，P=0.022）、rs10983951（P=0.009 2，P=0.007 6）、rs117227387（P=0.009 2，P=0.007 6）、rs3758250（P=0.009 2，P=0.007 6）和rs116899397（P=0.009 2，P=0.007 6），这5个SNPs位点与NSCLO和NSCPO均有显著关联性；另外，rs13292899（P=0.008 5）、rs74606599（P=0.008 3）、rs143226042（P=0.008 3）和rs117236550（P=0.01），这4个SNPs位点与NSCLO发生相关；rs12343182（P=0.008 7）、rs10119760（P=0.012）、rs10113907（P=0.012）和rs13299924（P=0.012），这4个SNPs位点与NSCPO发生相关。 结论 本研究在FOXE1基因上发现了一个新的易感SNPs位点rs13292899与NSCL/P及NSCLO发生密切相关，以及其他13个SNPs位点与NSCLO或NSCPO发生相关。

来源：2025年第1期

《华西口腔医学》期刊编辑部

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